Em NieR: Automata invasores de outro mundo atacam sem qualquer aviso, desencadeando um novo tipo de ameaça, armas conhecidas como "formas de vida mecanizadas". Diante desta montanha inalcançável, a humanidade se vê obrigada a fugir da Terra e se refugiar na Lua.
O conselho da humanidade organiza uma resistência de soldados andróides em um esforço para retomar seu planeta. Para quebrar o impasse, a resistência implanta uma nova unidade de infantaria andróide, chamada YoRHa. No deserto abandonado abaixo, que um dia foi chamado de lar para os humanos, a guerra entre as máquinas e os andróides continua, uma guerra que revelará a verdade há muito esquecida deste mundo.
