Ultimate Ninja Storm 4 retoma a história em que o jogo anterior terminou. As Forças Aliadas Shinobi têm a vantagem sobre a Akatsuki, mas Tobi e Madara Uchiha continuam sendo obstáculos constantes para os heróis. Naruto, então, deve se unir aos aliados para tentar derrotar a dupla e impedir que completem o plano de conquista mundial.
O modo história se apresenta como uma série de batalhas, com cenas animadas que avançam a narrativa e agem como pausas na ação. O roteiro toma algumas liberdades ao adaptar a história para o jogo, mas todas as informações e momentos importantes estão presentes para tornar a experiência coesa. A vantagem é que os fãs que já sabem a sequência de eventos não precisam esperar muito para reviver as batalhas principais, enquanto os que veem o arco final pela primeira vez não ficam perdidos ao longo da jornada.
Existe também o modo Aventura, que funciona como epílogo para a narrativa principal. Este permite que o jogador explore vários locais do mundo de Naruto e oferece várias missões. Embora a trama deste modo não tenha consequências importantes para a história geral, ainda é uma opção divertida para aqueles que buscam mais conteúdo depois dos créditos.
