Digimon Story: Cyber Sleuth Hacker's Memory relata a história de Keisuke Amazawa, num lado futurista do Japão. Ao decorrer da sua trajetória, Keisuke conhece diversos vírus de computador, chamados de Digimons. Eles são monstros digitais que habitam na realidade avançada da internet, conhecido como Eden, um local que permite que os usuários entrem num mundo virtual incrível.
Keisuke é acusado por crimes que não cometeu, por não muita opção, ele então entra no mundo virtual dos Digimons para encontrar o verdadeiro culpado do ocorrido e por fim provar a sua inocência. Assim conhecendo o mundo da vida real e o digital, inicia uma fantástica aventura através do ciberespaço dando maior emoção e perspectiva positiva ao jogador.
