Depois de acordar em um centro médico de alta segurança sem nenhuma lembrança de como ele chegou lá, a memória de John Vattic retorna lentamente através de uma série de flashbacks jogáveis de seus dias como conselheiro civil de uma operação militar na Sibéria. No passado, ele trabalhou com um grupo de soldados conhecido como WinterICE, tentando localizar um cientista idoso que estava conduzindo pesquisas sobre poderes psíquicos. No presente, John tenta juntar o que ele lembra e localizar membros do WinterICE na esperança de que ele possa limpar seu nome, descobrir o que realmente aconteceu e descobrir como ele passou a ter poderes psíquicos.
Second Sight é um jogo de tiro em 3D com elementos furtivos. O jogador controla John principalmente de uma perspectiva de terceira pessoa, embora seja possível mudar para a visão em primeira pessoa sob certas circunstâncias. Durante o curso do jogo, o jogador pode usar telecinese, cura, charme, poderes de projeção e possessão e dois tipos de ataque psíquico, além de uma variedade de armas. A maioria das situações pode ser enfrentada com furtividade, violência irracional ou poderes psíquicos, ou uma combinação dos três.
