Jak e Daxter são Exilados de Wasteland onde o mais apto é capaz de sobreviver às leis da terra e a criaturas terríveis, porém isso é apenas o início, já que mais para frente o seu pior pesadelo irá finalmente chegar e ameaçar a vida e todo o mundo com sua escuridão eterna. Jak e seu fiel parceiro tem de destruir os Cabeças de Metal, encarando mais uma de suas aventuras, carregando o destino de todos em suas mãos.
Jak 3 combina elementos de uma variedade de gêneros, incluindo direção, aventura, ação, quebra-cabeça, estratégia e exploração. Dada a expansão e a variação no terreno, os veículos desempenham um papel importante em cada missão. O jogo revela mais veículos, armas e poderes das trevas e introduz poderes de luz. Enquanto Jak e Daxter lutam por suas vidas, personagens novos e familiares serão revelados lentamente.
