No jogo Ben 10: Omniverse, quando uma mudança no Omnitrix de Ben dá errado, seu novo parceiro, Rook, é enviado de volta no tempo, encontrando Ben a partir dos 11 anos de idade. O jovem Ben e seu aliado entram em uma briga com o vilão Malware, que absorve o Prototool de Rook para obter novas habilidades muito mais fortes, o que leva a uma terrível linha do tempo alternativa.
Os jogadores podem jogar como jovem Ben ou adolescente Ben, mudar de forma entre 13 heróis, incluindo alienígenas como Bloxx e Gravattack, lutar em uma grande variedade de níveis cheios de ação em toda a cidade subterrânea de Undertown e outros locais inspirados no desenho. Tanto o jovem Ben quanto o adolescente Ben precisam trabalhar junto com seu parceiro Rook para resolver o crime, consertar o passado e o presente derrotando os inimigos
